O Gotas de Flor vem recebendo reconhecimento público nos seus 18 anos de existência,  foi finalista do Premio Itaú Unicef pela Educação em 2001, semi finalistas em 2005 e 2009.

Eleita  pela Revista Veja SP (dezembro de 2008) como  uma das ONGs de atuação mais confiável e eficiente.

Semifinalista pelo Premio FIES- Banco Itau  em 2009.

Premiado pelo Instituto C&A pelo Projeto Prazer em Ler, Ônibus Biblioteca em 2006 e pelo Projeto Polo LiteraSampa em 2010, em conjunto com mais 7 entidades sociais.